Self Love is the Best Love

- Plasmids • * bacterial chromosome은plasma membrane에 붙어 있음. • 세균의 세포 내에 복제되어 독자적으로 증식할 수 있는 염색체 외의 DNA분자를 총칭 • 하나 이상의 유전자 carry. • 세균의 생존엔 필수적이지 않으나 이점을 줄 수 있음. • 다른 종의 세포 내에도 전달 가능 • Ex) antibiotic resistance gene. 실험실에서 selectable marker로 이용 가능. ➝ Resistance (R plasmid) : Vector는tetracycline저항성 유전자를 가지고 있다. Plasmid를 가지고 있는 E. coli와 없는E. coli를 선별하려고 한다. tetracycline저항성 plasmid가 있는 E. coli만tetra..

- Basic steps in Gene cloning 1. A fragment of DNA, containing the gene to be cloned, is inserted into a circular DNA molecule (a vector), to produce a recombinant DNA molecule. 2 The vector transports the gene into a host cell (a bacterium) although other types of living cell can be used. 3 Within the host cell the vector multiplies, producing numerous identical copies, not only of itself but a..

1. Purpose 원하는 유전자 서열과 orthologous한 유전자를 탐색하거나, 다른 생물에 원하는 유전자 서열의 유무를 확인하고 싶을 때Orthologous한 유전자의 서열이 이미 알려져 있다면 BLAST를 사용하거나, orthologous gene database를 이용한다. 하지만 서열 정보가 없는 경우 실험을 통해 증명해낸다. 원하는 유전자 서열과 서열 상동성이 유사한 orthologous 유전자의 서열들을 이용해서 MSA(multiple sequence alignment)를 실시하고, consensus sequence를 추출한 다음 이 서열을 이용해서 primer를 design한다면, 다른 생물에서 원하는 유전자 서열과 orthologous한 관계의 유전자 서열의 유무를 확인할 수 있고 다..

1. Purpose X-ray crystallography는 단백질의 구조를 동정(identification)하기 위한 좋은 수단이지만 시간적 경제적 부담이 될 수 있다. 따라서 X-ray crystallography를 해야만 하는 경우가 아니라면 homology modeling을 통해서 단백질의 구조와 그 기능을 예측할 수 있다. 이때 모델링 하려는 단백질과 최소 50% 이상 상동성이 있는 단백질의 입체구조가 알려져 있다면 protein structure identification이 가능하다. 원하는 아미노산 서열이 어떤 단백질인지 확인하기 위해 BLASTP(Basic Local Alignment Search Tool)를 이용한다. 이후 아미노산 서열에 기반한 단백질 구조 확인을 위해 Expert Pr..

EC 번호(Enzyme Commission number)는 효소를 정리할 수 있도록 반응 형식에 따라서 EC에 따른 4개의 숫자로 나타낸 것. EC 1 산화 환원 효소 AH + B → A + BH (환원) A + O → AO (산화) EC 2 전달 효소 AB + C → A + BC EC 3 가수 분해 효소 AB + H2O → AOH + BH EC 4 분해 효소 RCOCOOH → RCOH + CO2 또는 [X-A-B-Y] → [A=B + X-Y] EC 5 이성질화 효소 AB → BA EC 6 연결 효소 X + Y+ ATP → XY + ADP + Pi 이거 시험에 나왔는데 못 적어서 다 틀림.. 너무 속상함

1. Purpose Basic Local Alignment Search Tool Protein (BLASTP)는 단백질의 아미노산 sequences와 같은 기본적인 생물학적 sequences 정보를 비교하기 위한 알고리즘과 프로그램이다. BLASTP 검색을 통해 연구자는 대상 단백질을 라이브러리 혹은 database와 비교할 수 있다. [1] 이때 database를 Reference protein으로 설정하면 대상 단백질의 paralogous 혹은 orthologous protein을 확인할 수 있다. Database를UniprotKB/Swiss-prot로 설정하면 대상 단백질 서열이 가지고 있는 protein을 검색할 수 있다. 대표되는 단백질이 궁금할 때 이를 이용한다. 이 실험에서는 미지의 아미노산..