Self Love is the Best Love

1. Purpose 원하는 유전자 서열과 orthologous한 유전자를 탐색하거나, 다른 생물에 원하는 유전자 서열의 유무를 확인하고 싶을 때Orthologous한 유전자의 서열이 이미 알려져 있다면 BLAST를 사용하거나, orthologous gene database를 이용한다. 하지만 서열 정보가 없는 경우 실험을 통해 증명해낸다. 원하는 유전자 서열과 서열 상동성이 유사한 orthologous 유전자의 서열들을 이용해서 MSA(multiple sequence alignment)를 실시하고, consensus sequence를 추출한 다음 이 서열을 이용해서 primer를 design한다면, 다른 생물에서 원하는 유전자 서열과 orthologous한 관계의 유전자 서열의 유무를 확인할 수 있고 다..

1. Purpose X-ray crystallography는 단백질의 구조를 동정(identification)하기 위한 좋은 수단이지만 시간적 경제적 부담이 될 수 있다. 따라서 X-ray crystallography를 해야만 하는 경우가 아니라면 homology modeling을 통해서 단백질의 구조와 그 기능을 예측할 수 있다. 이때 모델링 하려는 단백질과 최소 50% 이상 상동성이 있는 단백질의 입체구조가 알려져 있다면 protein structure identification이 가능하다. 원하는 아미노산 서열이 어떤 단백질인지 확인하기 위해 BLASTP(Basic Local Alignment Search Tool)를 이용한다. 이후 아미노산 서열에 기반한 단백질 구조 확인을 위해 Expert Pr..

EC 번호(Enzyme Commission number)는 효소를 정리할 수 있도록 반응 형식에 따라서 EC에 따른 4개의 숫자로 나타낸 것. EC 1 산화 환원 효소 AH + B → A + BH (환원) A + O → AO (산화) EC 2 전달 효소 AB + C → A + BC EC 3 가수 분해 효소 AB + H2O → AOH + BH EC 4 분해 효소 RCOCOOH → RCOH + CO2 또는 [X-A-B-Y] → [A=B + X-Y] EC 5 이성질화 효소 AB → BA EC 6 연결 효소 X + Y+ ATP → XY + ADP + Pi 이거 시험에 나왔는데 못 적어서 다 틀림.. 너무 속상함

1. Purpose Basic Local Alignment Search Tool Protein (BLASTP)는 단백질의 아미노산 sequences와 같은 기본적인 생물학적 sequences 정보를 비교하기 위한 알고리즘과 프로그램이다. BLASTP 검색을 통해 연구자는 대상 단백질을 라이브러리 혹은 database와 비교할 수 있다. [1] 이때 database를 Reference protein으로 설정하면 대상 단백질의 paralogous 혹은 orthologous protein을 확인할 수 있다. Database를UniprotKB/Swiss-prot로 설정하면 대상 단백질 서열이 가지고 있는 protein을 검색할 수 있다. 대표되는 단백질이 궁금할 때 이를 이용한다. 이 실험에서는 미지의 아미노산..

1. Purpose Phylogenetic tree는 생물이 진화의 결과 여러 종이나 분류군 사이에서 나타나는 신체적이거나 유전적 특징의 유사성과 차이를 바탕으로 evolutionary relationship을tree diagram으로 나타낸 것이다[1]. 다양한 생물 종에 대해 진화적 관계를 알 수 있다. Phylogenetic tree를 구성하기 위해, 분자 진화에 대한 통계적 분석을 수행하는 Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA)이라는 컴퓨터 소프트웨어를 사용한다[2]. 또한 종의 재분류를 방지하기 위해 Average Nucleotide Identity (ANI)를 이용해 두 유전체의 코딩된 부분 사이의 nucleotide수준의 Genomic Simil..

1. Purpose Prokaryote의ribosome은30S소단위체와 50S대단위체로 이루어져 있다. 30S소단위체는 16S ribosomal RNA로 구성된다. 이RNA sequence의 대부분은 상당히 보존되어 있는 한편, 일부 구간에서는 높은 염기 서열 다양성이 나타난다. 동종간에는 다양성이 거의 없는 반면에 타종간에는 다양성이 나타나므로 생물종 동정 (Biological identification)에 사용된다. [1] Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) 와 EzTaxon database를 이용해 어떠한 미생물의 nucleotide sequences (called a query)을 비교할 수 있다. BLAST 는 단백질의 아미노산 sequences나DNA 혹..