3. EC number and protein blast

1. Purpose

 Basic Local Alignment Search Tool Protein (BLASTP)는 단백질의 아미노산 sequences와 같은 기본적인 생물학적 sequences 정보를 비교하기 위한 알고리즘과 프로그램이다. BLASTP 검색을 통해 연구자는 대상 단백질을 라이브러리 혹은 database와 비교할 수 있다. [1] 이때 database를 Reference protein으로 설정하면 대상 단백질의  paralogous 혹은 orthologous protein을 확인할 수 있다. Database를UniprotKB/Swiss-prot로 설정하면 대상 단백질 서열이 가지고 있는 protein을 검색할 수 있다. 대표되는 단백질이 궁금할 때 이를 이용한다.

이 실험에서는 미지의 아미노산 서열이 어떤 단백질과 상응하는지 추정해 보려고 한다.

 

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 2. Materials & Methods

 

 2.1. Reference protein (refseq_protein) database

 

 BLASTP stie에 접속한다. 미지의 단백질 서열을 입력하고, database를 “Reference protein (refseq_protein)”로 설정한다. (Pic1)

Pic1. Reference protein (refseq_protein) database로BLAST

 AP2Ec superfamily를 선택한다. (Pic2)

Pic2. Reference protein (refseq_protein) database로 나온 superfamily

 

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2.2 UniprotKB/Swiss-Prot(swissprot)

 

BLASTP stie에 접속한다. 미지의 단백질 서열을 입력하고, database를 “UniprotKB/Swiss-Prot(swissprot)”로 설정한다. (Pic3)

Pic3. UniprotKB/Swiss-Prot(swissprot) database로BLAST

 

 AP2Ec superfamily를 선택한다. (Pic4)

Pic4. UniprotKB/Swiss-Prot(swissprot) database로 나온 superfamily

 

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3. Results & Discussions

 

 Reference protein (refseq_protein) database로BLAST 시킨 결과 미지의 아미노산 서열은 Anoxybacillus genus의xylose isomerase로 추정된다. (Pic5, 6)

Pic5. Reference protein (refseq_protein) database로BLAST 시킨 결과 domain

Pic6. Reference protein (refseq_protein) database로BLAST 시킨 결과

 

 UniprotKB/Swiss-Prot(swissprot) database로BLAST 결과 미지의 아미노산 서열은 xylose isomerase로 추정되며, Geobacillus stearothermophilus의 xylose isomerase와 비슷한 구조를 가지고 있는 것으로 추정된다. (Pic7, 8, 9)

Pic7. UniprotKB/Swiss-Prot(swissprot) database로BLAST 시킨 결과 domain

Pic8. UniprotKB/Swiss-Prot(swissprot) database로BLAST 시킨 결과

Pic9. UniprotKB/Swiss-Prot(swissprot) database로BLAST 시킨 결과의 Accession

 

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4. References

 

[1] Douglas Martin (21 February 2008). “Samuel Karlin, Versatile Mathematician, Dies at 83”. The New York Times